O município de Lagos faz parte do ECOXXI desde 2016. A iniciativa da Associação Bandeira Azul da Europa (ABAE) tem como principais objetivos envolver os municípios e comunidades locais a investir na sustentabilidade e, por outro lado, avaliar a prestação dos municípios em várias áreas, nomeadamente: Educação Ambiental para o Desenvolvimento Sustentável; Sociedade Civil; Instituições; Conservação da Natureza; Ar; Água; Energia; Resíduos; Mobilidade; Ruído; Agricultura; Turismo e Ordenamento do Território.  

Em 2023 Lagos voltou a ganhar o prémio de “Bandeira Verde”. O município destacou-se no indicador referente à “Conservação da Natureza”, que inclui a análise da prestação do município em ações de gestação, áreas protegidas de âmbito local/ regional e áreas classificadas.  

Além disto, Lagos também se destacou na área da “Agricultura e Desenvolvimento Rural Sustentável”, nomeadamente em critérios como “Modo de Produção Biológico”; “Produtos Qualificados”; “Estatuto da Pequena Agricultura Familiar”; “Circuitos Curtos Agroalimentares” entre outras ações de promovidas pelo município ou em que este participa.